北京大学深圳医院原名“深圳市中心医院”，是深圳市政府投资4.5亿元人民币建成的现代化综合性医院。医院于1999年底建成开业，2001年9月，深圳市政府与北京大学合作，医院更名为“北京大学深圳医院”和“北京大学深圳临床医学院”，纳入北京大学附属医院管理体系。
医院占地面积6.7万平方米，建筑面积9.0万平方米，编制病床800张，实际开放病床925张。医院总资产9.3亿元，拥有总价值超3.0亿元的现代化医疗设备。 医院现有正式员工1700多名。其中拥有副主任医师以上职称的高级技术人才300多名，有硕士以上学位人员310多名，有海外留学经历人员38名。 医院开设临床医技科室52个，其中国家级技术准入专科1个，省级重点特色医学专科1个，市级重点专科（实验室）5个，院级重点学科3个。开展了一大批医学高新技术和特色服务项目，吸引了深圳、香港、澳门以及周边地区的大批患者，还有来自全球36个国家和地区的外宾前来就诊。医院年门急诊量170多万人次，年出院病人近3万人次，成为深圳市最具影响力的重要医疗机构之一。12、104、209、11、14、6、2路到莲花北村西站下车